GSEA富集分析得分曲線圖（左）和核心基因熱圖（右）

那么這個圖怎么解讀和在文章中描述呢？

接下來跟著小編學習3篇項目案例，一起增加GSEA的知識吧！

#項目案例1

文獻題目：Kir2.1-mediated membrane potential promotes nutrient acquisition and inflammation through regulation of nutrient transporters

發表期刊：Nature communications IF：17.694

合作單位：浙江大學

技術手段：轉錄組+代謝組

結果描述：GSEA分析顯示，在Gramicidin和KCl升高的情況下，自噬反應功能顯著富集。

#項目案例2

文獻題目：A small molecule targeting ALOX12-ACC1 ameliorates nonalcoholic steatohepatitis in mice and macaques

發表期刊：Science Translational Medicine IF：19.319

合作單位：武漢大學

技術手段：轉錄組+蛋白質組+代謝組

結果描述：GSEA分析顯示了與不同程度敲降ACC1的肝細胞中脂肪酸合成和分泌相關的途徑和基因的激活或抑制。①ACC1（#5）的輕微敲降對參與脂肪酸合成的基因表達的影響可忽略不計。②ACC1（#4）的部分敲降有效地抑制了參與脂肪生成和脂質分泌的基因的mRNA和蛋白質表達。③保留完整的ACC1（#8）時這些功能則實質性激活。

#項目案例3

文獻題目：Multiple omics study identifies an interspecies conserved driver for nonalcoholic steatohepatitis

發表期刊：Science Translational Medicine IF：19.319

合作單位：武漢大學

技術手段：轉錄組+蛋白質組+代謝組

結果描述：為了進一步探索脂肪毒性誘導的NASH的分子機制，作者通過基因集富集分析（GSEA）研究了四個物種的NASH和對照肝臟之間的花生四烯酸（AA）途徑的核心基因。結果發現，ALOX12是AA代謝途徑中的核心酶，是在所有物種中對NASH中AA途徑的激活貢獻最大的保守基因。

基于上述3篇案例，對GSEA分析結果的使用可總結如下：

首先看FDR（P-adjust）或者P-value是否顯著（＜0.05），表示在該功能基因集顯著富集；

其次看NES（Normalized ES）值，為正值時表示在左側分組中激活、右側分組中抑制，為負值時表示在左側分組中抑制、右側分組中激活。

GSEA分析的使用的方法可參考更多文章喲~

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樣本間相關性熱圖（左）、GO富集分析氣泡圖（中）和PPI（右）

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GSEA富集分析（左）和以Pvalue篩選差異基因分析結果（右）